Agnatos
Los agnatos son un pequeño grupo de peces sin mandíbulas. Los únicos representantes actuales son los de la clase ciclóstomos.
Ciclóstomos
Formada por los mixinos y los Cefalaspidomorfos. Tienen un esqueleto conjuntivo y cartilaginoso.
Mixinos

Ejemplo: Myxine.
Cefalaspidomorfos
Como las lampreas.
Ejemplo: Lamprea.
Los gnatostomados o mandibulados se agrupan en condrictios (peces cartilaginosos) y osteictios (peces óseos).
Condrictios
Los peces condrictios poseen un esqueleto cartilaginoso que nunca se osifica. Su cuerpo es fusiforme y acaba en una aleta caudal. La notocorda persiste en los adultos y la piel tiene escamas. La boca es ventral, con poderosos dientes. La visión está poco desarrollada, pero tienen un olfato muy sensible y flotan gracias a su enorme hígado cargado de grasa. Carecen de vejiga natatoria. Tienen tendencia al viviparismo (sus crías nacen completamente formadas) y en numerosos casos la fecundación es interna mediante unas aletas de los machos modificadas en forma de órgano copulador.
Las 600 especies de condrictios se clasifican en:
Elasmobranquios, que comprenden a los tiburones y las rayas Ejemplo: Raya, tiburones.
Holocéfalos o quimeras, que comprende sólo 25 especies.
Ejemplo: Quimeras.
Osteictios
Los peces osteictios tienen el esqueleto osificado. Sus escamas están solapadas o fusionadas, envueltas por una película mucosa y la boca normalmente está en posición terminal. Tienen cuatro o cinco branquias, un olfato muy desarrollado, órganos acústicos especializados y ojos laterales. Los que no tienen escamas, como las anguilas, respiran por la piel; algunos tienen pulmones funcionales (los pulmonados).
La mayoría de osteictios son ovíparos y la fecundación es externa (se produce en el agua). Muchos son migratorios, ya sea para buscar alimento o con fines reproductivos. Algunos pasan del mar a los ríos, como los salmones y esturiones, y otros lo hacen en sentido contrario, como las anguilas.
Se agrupan en:
Sarcopterigios, que comprenden los crosopterigios (celacanto) y los dipnoos (peces pulmonados)
Ejemplo: Celacanto.
Actinopterigios (el grupo más numeroso).
Ejemplo: Esturión, anguila, sardina, carpa, merluza, caballito de mar, mero, atún, chanquete, barracuda, corvina, gallo, pez globo.